ドキュメントの場所が分からず、長らく使いにくさ満点で使ってきたのだが
ようやく分かった。

~/.quiltrcに以下の内容を書いて、おいら的には幸せ度がだいぶあがりました。

QUILT_DIFF_ARGS="-p ab --color=never"
QUILT_DIFF_OPTS="-up"
QUILT_REFRESH=ARGS="--difstat -p ab"